Гомункулы - искусственные люди, созданные при помощи алхимии. Каждый из них обладает какой-нибудь уникальной сверхчеловеческой способностью, а также способностью к регенерации - если их ранить или даже убить, они восстановятся за считанные мгновения. Они носят имена, соответствующие семи смертным грехам: Похоть, Обжорство, Зависть, Жадность, Гнев, Лень, Гордыня. Их отличительные признаки - отметина-уроборос на теле и (у некоторых) фиолетовые глаза с вертикальными зрачками.
В манге и аниме 2009 года гомункул представляет собой искусственного человека, сформированного вокруг ядра - философского камня. Их создал человек, которого они величают "Отцом" и чью волю они исполняют. Упоминается также, что в каждом из них есть частичка его души. Кроме того, некоторых гомункулов создавали, введя жидкий философский камень им в кровь. Гомункул может погибать и снова воскресать - у него столько жизней, сколько их содержалось в философском камне, послужившем ему основой. Однако если запас этих жизней иссякнет, гомункул погибнет по-настоящему. За единственным исключением, никто из гомункулов не стареет - они ничуть не изменились за те сотни лет, что живут на свете. В отличие от гомункулов в первом аниме, не страдают комплексом неполноценности: считают себя людьми или даже сверхлюдьми - следующей ступенью эволюции.
Татуировка уробороса
В аниме 2003 года гомункул представляет собой результат неудачного преобразования человека. Он появляется на свет перекорёженным уродцем. Если его кормить красными камнями (так в аниме называют незавершённые философские камни), то он обретает нормальный облик (облик того человека, которого хотели воскресить). У гомункулов могут быть смутные воспоминания о жизни их прототипов. У них нет души - они жаждут обрести её и стать людьми, и именно для этого им нужен философский камень. Они не стареют и практически бессмертны: это становится возможным благодаря находящимся у них внутри красным камням, в которых накоплены человеческие жизни. Гомункул может погибать и воскресать заново, постепенно растрачивая их запас. Кроме того, он может пополнить этот запас, съев ещё немного красных камней. Поскольку счёт жизней в них идёт на сотни и даже тысячи, расправиться с гомункулом, убивая его снова и снова, довольно сложно. Гомункулы становятся уязвимы, когда поблизости находится частичка останков их прототипа. С помощью этих останков и особого круга преобразования гомункула можно ослабить и убить.
Список гомункулов
2009
| Имя | Расположение татуировки уробороса | Способность | Статус | Побежден |
| Отец | нет | Сверхсильные алхимические способности | Мёртв † | Эдвард Элрик, Грид |
| Гордыня (2009) (Прайд) | Правая пятка | Манипуляция тенями, возможная материализация теней. | Жив | Эдвард Элрик, Зольф Кимбли (изнутри) |
| Зависть (2009) (Энви) | Внешняя область бедра левой ноги | Смена облика | Мёртв † | Рой Мустанг, Тим Марко, Энви |
| Жадность (2009) (Грид) | Тыльная сторона левой ладони | Абсолютный щит | Мёртв † | Отец, Грид |
| Похоть (2009) (Ласт) | Ключицы | Абсолютный клинок | Мертва† | Рой Мустанг |
| Лень (2009) (Слос) | Правое плечо | Сверхскорость, огромная физическая сила | Мёртв † | Изуми Кертис, Алекс Луи Армстронг |
| Обжорство (2009) (Глатони) | Язык | Неудачная версия врат истины в животе | Мёртв † | Прайд |
| Гнев (2009) (Рас) | Левый глаз | Абсолютное зрение, сверхреакция | Мёртв † | Шрам, Старик Фу |
2003
| Имя | Расположение татуировки уробороса | Способность | Статус | Побежден |
| Гордыня (Прайд) | Левый глаз | Абсолютное зрение | Мёртв † | Рой Мустанг |
| Зависть (Энви) | Внешняя область бедра левой ноги | Смена облика | Мёртв † | Эдвард Элрик |
| Жадность (Грид) | Тыльная сторона ладони | Абсолютный щит | Мёртв † | Эдвард Элрик |
| Похоть (Ласт) | Ключицы | Абсолютный клинок | Мертва† | Рас |
| Лень (Слос) | Левая сторона груди | Умение превращать свое тело в воду | Мёртва † | Эдвард Элрик |
| Обжорство (Глатони) | Язык | Бесконечный желудок | Мёртв † | Альфонс Элрик |
| Гнев (Рас) | Стопа | Умение использовать алхимию, телесные метаморфозы | Мёртв † | Глатони |